Претензии к ЗАО "Москва-Макдоналдс" налоговики выдвинули по итогам выездной проверки за 2003-2005 годы. Московская инспекция ФНС обвинила компанию в том, что она приобретала мясо и упаковочный материал у фирм-однодневок, а также применяла льготы по НДС на мясные и молочные продукты, не имеющие сертификатов.
Девятый арбитражный апелляционный суд в ноябре 2009 года оставил в силе решение Арбитражного суда Москвы, который в конце августа 2009 года частично удовлетворил иск ЗАО "Москва-Макдоналдс" о признании недействительным решения о доначислении налогов в размере около 160 миллионов рублей. Московский арбитраж по ряду позиций принял решение в пользу компании, а по ряду - в пользу Федеральной налоговой службы. Так, суд признал недействительным доначисление 48,4 миллиона рублей НДС и претензии по налогу на доходы работников и единому социальному налогу на сумму порядка 7 миллионов рублей.