Как сообщает следственное управление следственного комитета Российской Федерации по Самарской области, по версии следствия, весной 2017 года Рубаков узнал от ранее ему знакомого бывшего сотрудника УФСБ России по Самарской области – Максима Докучаева, об осуществлении противоправной деятельности руководством государственного унитарного предприятия Самарской области «Стройконтроль», в том числе директором - Реналем Мязитовым, связанной с незаконным получением субсидий, выделяемых в рамках компенсации затрат на мероприятия по осуществлению строительного контроля на объектах строительства областной собственности.
Впоследствии Рубакову от Докучаева стало известно, что в мае 2017 года следователем ГСУ ГУ МВД России по Самарской области возбуждено уголовное дело по статье «№Мошенничество в особо крупном размере» УК РФ, по которому устанавливалась причастность Мязитова к совершению указанного преступления.
После этого, 2 июня 2017 года Рубаков, находясь в одном из ресторанов Самары, в ходе проведения сотрудниками УФСБ России по Самарской области оперативно-розыскного мероприятия «оперативный эксперимент», получил от Мязитова незаконное денежное вознаграждение в общей сумме два миллиона 500 тысяч рублей, из них: один миллион 100 тысяч рублей деньгами и муляж денежных средств, общим номиналом один миллион 400 тысяч рублей, для передачи их в качестве взятки Докучаеву за способствование Мязитову избежать привлечения к уголовной ответственности. После совершения преступления Рубаков был задержан сотрудниками УФСБ России по Самарской области на месте происшествия.
Кроме того, 30 мая 2017 года Рубаков, находясь в своем служебном кабинете, введя в заблуждение директора одного из обществ с ограниченной ответственностью относительно своих истинных намерений и полномочий, под предлогом способствования изменения технических условий подключения к ливневой канализации проектируемого указанным ООО жилого комплекса по улице Водникова, не имея при этом намерений, а также реальной возможности выполнить данное им обязательство, незаконно завладел деньгами директора ООО в сумме пять миллионов рублей.
Оперативное сопровождение по уголовному делу осуществлялось сотрудниками подразделения УФСБ России по Самарской области.
В настоящее время уголовное дело с утвержденным обвинительным заключением направлено для рассмотрения в суд.
Ранее, суд признал Максима Докучаева виновным в покушении на мошенничество и приговорил к 2, 5 годам лишения свободы.
В двух департаментах администрации Самары прошли обыски по делу Рубакова 
Предъявлено обвинение главе департамента градостроительства Самары 
В Тольятти на главу департамента градостроительства завели уголовное дело 
На взятке 2,5 млн руб. попался глава департамента градостроительства Самары